Σε μία από τις ευρύτερα γνωστές διεθνείς ταξινομήσεις Πανεπιστημίων, το σύστημα Webometrics Ranking of World Universities, το Πανεπιστήμιο Αιγαίου αξιολογήθηκε ως το 8ο σε σύνολο 79 αξιολογημένων Ιδρυμάτων στην Ελλάδα και ως το 970ο στον κόσμο, δηλαδή εντός του 5% των καλύτερων πανεπιστημίων παγκοσμίως.
Η κατάταξη αυτή, παρά τη γνωστή οικονομική πραγματικότητα των πανεπιστημίων κατά τα τελευταία πέντε χρόνια, χαρακτηρίζεται ιδιαίτερα ικανοποιητική, από τη στιγμή που το σύστημα Webometrics μελετά και αξιολογεί στοιχεία από 23.000 και πλέον πανεπιστήμια στον κόσμο.
Στην ιστοσελίδα http://www.webometrics.info/en/Europe/Greece περιγράφεται διεξοδικά η σχετική μεθοδολογία αξιολόγησης που ακολουθείται κατά την τελευταία δεκαετία.