Σκληρή αντιπαράθεση έχει ξεσπάσει μεταξύ ΝΕΛ και Blue Star Ferries αφού καμιά από τις εταιρείες δεν επιθυμεί νέους ανταγωνιστές μέσα «στα πόδια της», δηλαδή στις γραμμές που εξυπηρετεί . Όπως καταγγέλλει η ΝΕΛ η Blue Star Ferries αντιδρούσε έντονα και κατάφερνε με διάφορους τρόπους ν' αποτρέψει να μπουν νέες εταιρείες στις γραμμές που εξυπηρετεί. Όταν όμως υπέβαλλε η ίδια αίτημα για να «μπει» στις γραμμές της ΝΕΛ τότε αυτό έγινε ...αιτία πολέμου.
«Η BLUE STAR FERRIES αφού μονοπώλησε και καθυπέταξε τα νησιά των Κυκλάδων και των Δωδεκανήσων με μονοπωλιακές πρακτικές, κατάχρηση της δεσπόζουσας θέσης και εκβιασμό στους μεταφορείς να υπογράφουν συμβόλαια αποκλειστικής μεταφοράς με τα πλοία της, κατά παράβαση κάθε νομικού και δεοντολογικού κανόνα, κατάφερε να αποτρέψει και να αποτρέπει ακόμα και σήμερα τη δρομολόγηση άλλων συμβατικών πλοίων, στα ανωτέρω νησιωτικά συμπλέγματα. Αυτή η εκβιαστική πρακτική της που είναι γνωστή, τόσο σε όλες τις μεταφορικές εταιρείες που δραστηριοποιούνται, όσο και στις Λιμενικές Αρχές - Υπουργεία που κωφεύουν παρά τις κατά καιρούς καταγγελίες, πέτυχε το σκοπό της. Έμεινε ως μοναδική εταιρεία που συνδέει Κυκλάδες και Δωδεκάνησα με τον Πειραιά» αναφέρει μεταξύ άλλων στην ανακοίνωσή της η ΝΕΛ.
Στο ίδιο κείμενο αναφέρει περιπτώσεις όπου η εταιρεία απέτρεψε από άλλες εταιρείες να δρομολογήσουν πλοία όπως έκανε και με τη ΝΕΛ όταν υπέβαλλε αίτημα για δρομολόγηση επιβατηγού – οχηματαγωγού στα Δωδεκάνησα στο Συμβούλιο Ακτοπλοϊκών Συγκοινωνιών που έγινε στη Μυτιλήνη στις 10 Φεβρουαρίου 2012 , «...ισχυριζόμενη ότι δεν υπάρχουν συγκοινωνιακές ανάγκες παρότι εξυπηρετούσε τα Δωδεκάνησα ΜΟΝΟΠΩΛΙΑΚΩΣ»
Σε άλλο σημείο η ανακοίνωση της ΝΕΛ αναφέρει ότι η Blue Star Ferries διαφώνησε και σε άλλο αίτημα της ΝΕΛ για αντικατάσταση πλοίου στη γραμμή και συνεχίζει «...ξεχνώντας τα ανωτέρω γραπτά της, διότι τώρα δεν την συμφέρουν, ζητά στο αυριανό Σ.Α.Σ. (Παρασκευή 8 Ιουνίου) εκπρόθεσμα ετήσια δρομολόγια στη γραμμή Χίου – Μυτιλήνης από 05/07/2012 έως 04/07/2013, κατά παράβαση του άρθρου 4 παρ. 5 του Ν.2932/2001 (όπως ισχύει σήμερα) που προβλέπει ότι για εκπρόθεσμη δήλωση δρομολόγησης μετά τις 31/01/2011 (όπως είναι η εξεταζόμενη αίτηση) πρέπει να συντρέχουν και να ικανοποιούνται συγκοινωνιακές ανάγκες που δεν καλύπτονται από τα ήδη δρομολογημένα πλοία με τακτική δρομολόγηση ή με συμβάσεις του άρθρου 8»
Η επιστροφή του «Αίολος Κεντέρης»
Η ΝΕΛ υποστηρίζει ότι η γραμμή Πειραιάς – Χίος – Μυτιλήνη υπερκαλύπτεται από τα πλοία των εταιρειών ΝΕΛ και Hellenic Seaways, με συνολικά 11 δρομολόγια την εβδομάδα και επιπλέον τρία δρομολόγια με το φορτηγό – οχηματαγωγό ΠΕΛΑΓΙΤΗΣ της ΑΕΙΝΑΥΤΗΣ Ν.Ε.. Στα παραπάνω η εταιρεία τονίζει χαρακτηριστικά ότι δεν αναφέρει τα τρία επιπλέον εγκεκριμένα δρομολόγια κατά τη θερινή περίοδο από το ταχύπλοο «Αιολος Κεντέρης» που επιστρέφει στη γραμμή (γιατί είναι άλλου τύπου πλοίο). Η εξέλιξη αυτή αποτελεί ουσιαστικά και επίσημη ανακοίνωση για την επιστροφή του «Αίολος Κεντέρης» στη γραμμή.