Ειδικότερα η «Εφημερίδα των Συντακτών» έφερε στο φως εμπιστευτικό έγγραφο του Κεντρικού Λιμεναρχείου Μυτιλήνης, σταλμένο στις 15 Ιουλίου 2013, που αποκαλύπτει «…όχι μόνο ότι το Λιμενικό δεν παίρνει υπόψη τα ανθρώπινα δικαιώματα στον επίσημο σχεδιασμό των επιχειρήσεων αποτροπής μεταναστών και προσφύγων στο Αιγαίο, με αποτέλεσμα να τους εκθέτει σε πολλαπλούς κινδύνους, αλλά και ότι είναι ιδιαιτέρως υπερήφανο γι’ αυτή του την πολιτική, φτάνοντας στο σημείο να συγχαίρει τους λιμενικούς ακριβώς επειδή ενεργούν χωρίς μέριμνα για τη διασφάλιση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων» αναφέρει μεταξύ άλλων.
Σε απάντησή του το Υπουργείο αναφέρει τα εξής :
«..Η επιχειρησιακή δράση του Λ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ. σχεδιάζεται σύμφωνα με τις πάγιες εντολές της πολιτικής ηγεσίας και έχει ως αποκλειστικό γνώμονα την τήρηση της ισχύουσας νομοθεσίας και τις ιδιαιτερότητες του επιχειρησιακού περιβάλλοντος. Η ισχύουσα νομοθεσία περιλαμβάνει διατάξεις διεθνών, κοινοτικών και εθνικών νομοθεσιών που καλύπτουν τις υποχρεώσεις των στελεχών του ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ., τον σεβασμό των ανθρωπίνων δικαιωμάτων και τη φύλαξη των εξωτερικών συνόρων της Ελλάδας και της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Η από 15-7-2014 Ημερήσια Διαταγή του Κεντρικού Λιμενάρχη Μυτιλήνης που είδε σήμερα το φως της δημοσιότητας αποτελεί απονομή συνήθους ηθικής αμοιβής του προϊσταμένου προς τα επιχειρησιακά στελέχη των Λιμενικών Αρχών που με θάρρος και αυταπάρνηση επιτελούν στο ακέραιο και υπό αντίξοες συνθήκες καθήκοντα όπως αυτό που απορρέει από το άρθρο 12 παρ. 2 του Κανονισμού 562/2006 της Ε.Ε. (Κώδικας Συνόρων Schengen) σύμφωνα με το οποίο οι συνοριοφύλακες διεξάγουν την επιτήρηση των συνόρων «… κατά τρόπο ώστε να εμποδίζεται και να αποθαρρύνεται η παράκαμψη των ελέγχων στα συνοριακά σημεία διέλευσης».
Τέλος, η επιχειρούμενη συσχέτιση του επιχειρησιακού περιβάλλοντος της Μυτιλήνης με την ερμηνεία, που αποδίδει ο συντάκτης του εν λόγω δημοσιεύματος, σε πρόσφατη απόφαση του Ευρωπαϊκού Δικαστηρίου Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΔΔΑ), θεωρείται ατυχής. Προς αποκατάσταση της αλήθειας, το ΕΔΔΑ στήριξε τη συγκεκριμένη απόφασή του στην παντελή έλλειψη κρατικής δικαιοδοσίας στην ανοιχτή θάλασσα (νοτίως ιταλικής χερσονήσου), όπου και έλαβε χώρα το επίδικο περιστατικό».
